In de Tweede Wereldoorlog is het interieur van de synagoge vernield. Zo goed mogelijk werd de synagoge hersteld voor gebruik. In 1949 vond een echte restauratie plaats onder leiding van de Amsterdamse architect A. Oznowicz. Slechts een enkel onderdeel van het oude interieur was teruggevonden bij opkopers, andere kwamen uit de vernielde synagoge van Nijkerk naar Amersfoort, maar veel moest opnieuw vervaardigd worden.
De inwijding van de herstelde sjoel vond op 2 april 1949 plaats met het aansteken van het Neer Tamied (Eeuwig brandende Licht). De Amersfoortse architect P. Wassink leidde in 1993 een ingrijpende verbouwing. Daarbij werd de oorspronkelijke kleurstelling uit 1843 teruggebracht.
